اكتشاف تسلسل الجينات لفيروس كورونا من البحث

حتى الآن ، تسبب فيروس كورونا الجديد في 3.9 مليون حالة وفاة في جميع أنحاء العالم.في بداية الوباء

تم إعاقة التحقيق في أصول SARS-CoV-2 بسبب عدم الوصول إلى المعلومات من الصين ، حيث ظهرت الحالات لأول مرة.

الآن ، اكتشف باحث في سياتل ملفات محذوفة من Google Cloud تكشف عن 13 تسلسلًا وراثيًا جزئيًا من بعض الحالات المبكرة لـ COVID-19 في ووهان.

لا تقلب التسلسلات الموازين إلى واحدة من النظريات العديدة حول كيفية نشأة SARS-CoV-2 ، أو منعلى سبيل المثال ، لا يدعمون النظرية القائلة بأن الفيروس تسرب من مختبر شديد الحراسة في ووهان.ومع ذلك ، تشير البيانات إلى أن فيروس كورونا الجديد كان ينتشر حتى قبل اكتشاف أول تفشي كبير للعدوى في سوق للمأكولات البحرية في مقاطعة صينية.

لتحديد كيف وأين حدث بالضبطفيروسًا ، يحتاج العلماء إلى العثور على ما يسمى بالفيروس السلائف الذي نشأت منه جميع السلالات الأخرى. حتى الآن ، تم أخذ التسلسلات الأولى في الغالب من حالات في سوق هوانان للمأكولات البحرية في ووهان. تم التكهن في الأصل بأن SARS-CoV-2 ظهر لأول مرة في نهاية ديسمبر 2019. ومع ذلك ، لم يكن للقضايا من أوائل ديسمبر إلى نوفمبر من ذلك العام أي صلة بالسوق. يشير هذا إلى أن الفيروس نشأ من مكان مختلف.

الحالات الموجودة في السوق تشمل ثلاثةتم اكتشاف الطفرات الغائبة في عينات الفيروس بعد أسابيع خارج السوق. تتطابق الفيروسات التي لا تحتوي على طفرات بشكل وثيق مع فيروسات كورونا الموجودة في خفافيش حدوة الحصان. العلماء واثقون من أن الفيروس التاجي الجديد نشأ بطريقة ما من الخفافيش ، لذلك من المنطقي الافتراض أن السلف لم يكن لديه هذه الطفرات أيضًا.

والآن جيسي بلوم من المعهد الطبياكتشف هوارد هيوز في سياتل أن بيانات التسلسل المحذوفة (ربما بعض من العينات الأولى للفيروس) خالية أيضًا من هذه الطفرات.

منذ حوالي عام ، 241 جينياختفى التسلسل من مرضى الفيروس التاجي من أرشيف قراءة التسلسل ، وهي قاعدة بيانات على الإنترنت تحتفظ بها المعاهد الوطنية للصحة (NIH).

لاحظ بلوم التسلسلات المفقودة ،عندما عثرت على جدول بيانات في دراسة نُشرت في مايو 2020 في PeerJ. لقد كانوا جزءًا من مشروع جامعة ووهان PRJNA612766 ومن المفترض أنه تم تحميلهم في الأرشيف. بحث العالم في قاعدة بيانات الأرشيف عن التسلسلات وتلقى الرسالة "لم يتم العثور على العناصر".

كشف تحقيقه أن حذفيتم جمع التسلسلات بواسطة مستشفى جامعة ووهان. في الوقت نفسه ، تشير النسخة الأولية للدراسة المنشورة بناءً على هذه التسلسلات إلى أنها مأخوذة من عينات مسحات أنف من مرضى العيادات الخارجية المشتبه في إصابتهم بـ COVID-19 في بداية الوباء.

لم يتمكن بلوم من العثور على أي تفسير لسبب إزالة التسلسلات ولم يتم الرد على رسائل البريد الإلكتروني التي أرسلها إلى مؤلفي الدراسة.

ويشير العالم إلى أنه “لا يوجد أي دليل علمي مقنعأسباب حذف البيانات." النقطة المهمة هي أن التسلسلات تتوافق تمامًا مع العينات الموضحة في العمل. لا توجد تصحيحات في الوثيقة. بالإضافة إلى ذلك، تؤكد الدراسة أن العينات تم الحصول عليها طوعا من الأفراد، ولا يظهر التسلسل أي دليل على تلوث البلازميد أو تلوث العينات. ويخلص بلوم إلى أنه "يبدو من المرجح أن التسلسلات قد تمت إزالتها لإخفاء وجودها".

تم نشر مقال بالنتائج التي توصل إليها على موقع biorxiv preprint.

قراءة المزيد

يُرى أكبر مذنب في التاريخ في النظام الشمسي: إنه كوكب تقريبًا

طريقة جديدة تحول الكربون على الفور إلى جرافين أو ماس

العثور على طريقة غير مكلفة لإنقاذ مراكز المدن الكبرى من ارتفاع درجة الحرارة