Hvad er den sydafrikanske stamme af Coronavirus?
Stamme 501.V2 eller "afrikansk stamme" eller "sydafrikansk"
Funktioner af stammen
- Aktiv spredning blandt unge
Forskere og embedsmænd sagde detforekomsten af denne stamme var højere blandt unge uden komorbiditeter, og sammenlignet med andre stammer er det mere sandsynligt, at det forårsager alvorlig sygdom i sådanne tilfælde.
- Forårsager faren for en anden bølge i afrikanske lande
Sydafrikas sundhedsministerium ogsåpåpegede, at denne stamme kunne være drivkraften bag den anden bølge af COVID-19-pandemien i landet på grund af, at stammen spredte sig hurtigere end andre tidligere virusstammer.
- Et stort antal mutationer
Forskere bemærkede, at denne stamme indeholderflere mutationer, der gør, at den nemmere kan binde sig til humane celler på grund af tre mutationer i receptorbindingsdomænet (RBD) i virusets spike glycoprotein: N501Y (aminosyren asparagin (N) erstattes af aminosyren tyrosin (Y) kl. position 501), K417N og E484K.
To af disse mutationer (E484K og N501Y) er i receptorbindingsmotivet (RBM) i receptorbindingsdomænet (RBD).
N501Y-mutationen blev også fundet i stammen202012/01, bredt distribueret i Storbritannien. To andre mutationer fundet i 501.V2, E484K og K417N, er fraværende i den britiske stamme. Derudover mangler 501.V2 69-70del-mutationen fundet i en anden stamme.
Opdagelse
Den nye stamme blev opdaget ved sekventeringkomplet genom. Flere genomiske sekvenser fra denne linje blev sendt til GISAID genetiske sekvensdatabase, for eksempel sekvensen EPI_ISL_678597.
International distribution
Den 23. december meddelte Matt Hancock, at to personerder rejste fra Sydafrika til Storbritannien blev inficeret med 501.V2. 28. december. Denne stamme blev fundet hos to personer i Schweiz og en person i Finland.
Den 29. december blev stammen opdaget hos en rejsende,fra Sydafrika til Japan, og fra en international rejsende i Queensland, Australien. Den 30. december blev stammen opdaget i Zambia. Den 31. december blev det også opdaget i Frankrig på en passager på vej tilbage fra Sydafrika.
Den 2. januar 2021 var det første tilfælde af infektion med dettestammen blev identificeret i Sydkorea. Østrig rapporterede sit første tilfælde af infektion med denne stamme samt fire tilfælde af infektion med den britiske stamme den 4. januar. Den 8. januar 2021 rapporterede Irland 3 tilfælde af denne stamme, som alle var forbundet med rejser fra Sydafrika.
Ufølsomhed over for vacciner
Den 4. januar 2021 rapporterede avisen The Telegraph,at Oxford-immunolog Sir John Bell mener, at den nye sydafrikanske stamme er et "stort spørgsmålstegn", da den kan være resistent over for vacciner, og derved knuse håb og erstatte dem med frygt.
Samme dag, professor i vaccinologi Shabir Madhisagde til CBS News, at det ikke er sikkert, at den nye stamme 501.V2 vil være i stand til at "omgå" vaccinens beskyttelse, men han mener, at den "kan være mindre effektiv."
Yderligere mutationer i spidsproteinet i stamme 501.V2'er blev identificeret af University of Reading lektor i cellulær mikrobiologi Simon Clarke som en bekymringsfaktor, fordi de "kan gøre virussen mindre modtagelig over for immunresponsen induceret af vaccinen."
Lawrence Young, en virolog ved University of Warwick, bemærkede også, at flere spidsmutationer i denne stamme "kan føre til en vis flugt fra immunforsvaret."
Flere undersøgelser viser, at denne stamme har undgået et neutraliserende multiklonalt antistof rettet mod SARS-CoV-2-spidsproteinet.
Ugur Sakhin, administrerende direktør for BioNTech,sagde, at der er behov for yderligere forskning for at sikre, at virksomhedens nuværende vaccine virker mod 501.V2-stammen, men hvis vaccinen skal justeres, kan virksomheden gøre det inden for ca. 6 uger.
Den 8. januar rapporterede Guardian, at Pfizer-vaccinen ogBioNTech fra COVID-19 har vist i test med 20 blodprøver, at det er i stand til at yde beskyttelse mod 501.V2-stammen. Yderligere forskning er nødvendig for at fastslå den nøjagtige grad af beskyttelse.
Moderna planlægger at teste en ny version af sin vaccine, der er specielt modificeret til at beskytte mod 501.V2-stammen, da Novavax tager lignende foranstaltninger.
Ifølge en klinisk undersøgelse af Ad26-vaccinen.COV2.S af Johnson & Johnson, dens effektivitet i det sydlige Afrika er 15 % lavere end i USA (henholdsvis 57 % og 72 %); forskellen skyldes sandsynligvis udbredelsen af 501.V2-stammen i Sydafrika.
En anden undersøgelse af vaccinen (NVX-CoV2373 fra Novavax) viste 60% effektivitet (hos HIV-negative deltagere) i Sydafrika sammenlignet med 90% effektivitet i Storbritannien.
Ifølge Reuters er Pfizer-vaccinen kun lidt mindre effektiv mod 501.V2. AstraZeneca planlægger at tilpasse sin vaccine til denne stamme, og en ny vaccine forventes at være klar inden efteråret 2021.
Den 24. februar 2021 annoncerede Moderna starten på kliniske forsøg med en ny version af sin vaccine. Den nye version er designet specifikt til at bekæmpe 501.V2.
Stamme mutationer
Forskere har opdaget otte mutationer i spidsproteinet fra den "sydafrikanske" stamme. Dette protein er ansvarlig for indgangen til virussen i cellen.
- N501Y
En af disse mutationer, N501Y, er også til stede iDen "britiske" stamme B.1.1.7 og er forbundet med forstærket binding til den humane receptor ACE2, hvortil SARS-CoV-2 binder sig på celleoverfladen.
- E484K
En anden mutation, E484K, i receptorbindingvirus domæne (RBD), bestemmer den øgede resistens på 501Y.V2 over for neutraliserende antistoffer, hvilket kan påvirke effektiviteten af COVID-19 vacciner, der er målrettet mod spike-proteinet, negativt.
Spike-mutation E484K er knyttet til en sagreinfektion med stamme 501.V2 SARS-CoV-2 i Brasilien, som forskerne mener var den første sådan reinfektion med en stamme indeholdende denne mutation.
Hvor fordeles stammen nu?
Virus 501.V2 forårsagede en anden bølge af epidemien i Sydafrika, som toppede i midten af januar. Den blev fundet i Botswana, Zambia, Kenya og Gambia samt i USA, Canada, Australien, Kina, Israel og dele af Europæiske lande.
Derudover blev stammen fundet på Ruslands territorium, indtil videre i enkeltmængder.
Læs mere
Uranus har modtaget status som den mærkeligste planet i solsystemet. Hvorfor?
Fysikere har skabt en analog til et sort hul og bekræftet Hawkings teori. Hvor det fører hen?
Abort og videnskab: hvad vil der ske med de børn, der føder