Το AI βοηθά στην αναγνώριση υπολειμμάτων RNA αρχαίων ιών στο ανθρώπινο γονιδίωμα

Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι όταν ο ιός εισέρχεται στο σώμα του ανθρώπου (και άλλων ζώων), αυτό

 μπορεί να αλλάξει το DNA του ξενιστή προσθέτοντας μέροςτο δικό του RNA. Είναι επίσης γνωστό ότι οι αρχαίοι ιοί που μόλυναν τον πληθυσμό πριν από πολλά χρόνια άφηναν μερικές φορές υπολείμματα του RNA τους στο ανθρώπινο γονιδίωμα. Ωστόσο, η εύρεση τους αποδείχθηκε δύσκολη υπόθεση λόγω του τεράστιου αριθμού συγκρίσεων που απαιτούνται για κάθε «ύποπτο» ιό. Στη νέα εργασία, οι ερευνητές χρησιμοποίησαν έναν αλγόριθμο μηχανικής μάθησης για να λύσουν το πρόβλημα.

Για να εκπαιδεύσουν τον αλγόριθμο, οι επιστήμονες χρησιμοποίησαν RNA απόγνωστά μη-ρετροϊικά ενδογενή ιικά στοιχεία RNA. Εκπαιδεύοντας τον αλγόριθμο του σύγχρονου ιικού RNA, το σύστημα θα μπορούσε να πάρει μια αίσθηση για το πώς μοιάζει συνολικά. Οι ερευνητές πιστεύουν ότι τέτοιες ομοιότητες πιθανότατα υπήρχαν και στο αρχαίο RNA. Μετά την προπόνηση, οι επιστήμονες τροποποίησαν το σύστημα για να αποτρέψουν όσο το δυνατόν περισσότερα ψευδώς θετικά. Στη συνέχεια το έτρεξαν στο ανθρώπινο γονιδίωμα και βρήκαν περίπου 100 επιλογές για περαιτέρω εξέταση. Αφού τις εξέτασαν, οι ερευνητές διαπίστωσαν ότι πολλοί από αυτούς ήταν ήδη γνωστοί και μερικοί ήταν κάτω από το όριο που έθεσαν ως επιλογή επιτυχίας / αποτυχίας. Έχουν απομείνει μόνο ένα πιθανό υπόλοιπο άγνωστου ιού.

Αργότερα, οι επιστήμονες έλεγξαν αν βρήκαν το ίδιουπολειπόμενο ιικό RNA στα γονιδιώματα άλλων ειδών, όπως πιθήκους και χιμπατζήδες. Αυτή η ανακάλυψη δείχνει ότι η μόλυνση και η περαιτέρω αλλοίωση του DNA σημειώθηκαν τουλάχιστον 43 εκατομμύρια χρόνια πριν.

Οι ερευνητές σημείωσαν ότι περισσότερες πληροφορίες σχετικά με τους αρχαίους ιούς και τον αντίκτυπό τους στο ανθρώπινο γονιδίωμα θα δώσουν μια εικόνα για τις αποχρώσεις της συμπεριφοράς των σύγχρονων ιών που είναι ακόμα άγνωστες.

Διαβάστε περισσότερα

Άμβλωση και επιστήμη: τι θα συμβεί στα παιδιά που θα γεννήσουν

Οι ραντάρ βρήκαν το τελευταίο φρούριο Tlingit στην Αλάσκα. Τον ψάχνουν για πάνω από 100 χρόνια

Το ένα τρίτο αυτών που έχουν αναρρώσει από το COVID-19 επιστρέφουν στο νοσοκομείο. Κάθε όγδοο - πεθαίνει