Kirjoittajat kehittivät minivasta-aineita ohjelmistolla, joka ennustaa kuinka
Tämä on erittäin hämmästyttävää tavaraa! Se avaa monia mahdollisuuksia.
Stephen Mayo, Caltechin kemisti
Vasta-aineet sitoutuvat hyvin proteiineihin, mm.eri mikrobien kanssa. Siksi lääkeyritykset käyttävät niitä lääkkeinä torjumaan infektioita ja syöpää. Mutta vasta-aineet ovat suuria proteiineja, joten niiden tuottaminen on kallista ja prosessi on usein epävakaa. Tutkimuksen tekijät pyrkivät ratkaisemaan nämä ongelmat.
Prosessi, jolla vasta-aineet sitoutuvat kohteeseennäyttää kalliokiipeilijältä, joka yrittää kiivetä jyrkälle kalliolle, selittää David Baker, laskennallinen rakennebiologi Washingtonin yliopistosta (UW). Tällaisen kiven pinta on yleensä sileä, eikä käsivarsille ja jaloille ole juurikaan tukea. Vasta-aineet ovat suuria, joten ne voivat tarttua useaan otteeseen samanaikaisesti ja pitää tiukasti kiinni.
Mutta minivasta-aineilla on vähemmän mahdollisuuksia.Tutkijat yrittivät voittaa tämän puutteen; he tunnistivat proteiinien sieppauskohdat ja rakensivat minivasta-aineita tämän perusteella. Mutta tämä toimii vain hyvin tutkituille proteiineille.
Tämän ongelman kiertämiseksi Baker ja kollegatkääntyivät Rosetta-ohjelmiston puoleen, jonka he kehittivät ennustamaan proteiinirakenteita aminohapposekvenssinsä perusteella. Luodakseen kartan mahdollisista jalansijaista tiimi antoi ohjelman tehtäväksi laskea, kuinka tiukasti määritellyt aminohapot sitoutuisivat kohdeproteiinin pinnan eri kohtiin. Tutkijat käyttivät Rosettaa luodakseen kymmeniä tuhansia virtuaalisia minivasta-aineita.
Tämä ohjelmisto mahdollistaatutkijat kehittämään diagnostisia koettimia, jotka auttavat havaitsemaan sairauksia varhaisessa vaiheessa, lisää Tanya Kortemme, bioinsinööri Kalifornian yliopistosta San Franciscosta.
Voimme suunnitella proteiinejaota yhteyttä mihin tahansa kohteeseen. Tämä tarkoittaa, että miniproteiinit eivät voi vain estää sairauksia aiheuttavia proteiineja, vaan myös ohjata lääkkeitä syöpäkudoksiin tai toimittaa valoa emittoivia tai radioaktiivisia diagnostisia molekyylejä mihin tahansa soluun. Tämä auttaa seuraamaan hoidon edistymistä.
Longxin Cao, UW postdoc
Lue lisää:
"Viides elementti" on olemassa: uusi koe vahvistaa, että tieto on olennaista
"James Webb" otti historian selkeimmän kuvan tähdestä
Kvanttilataus mahdollistaa sähköajoneuvojen ennätysten nopean latauksen