Comment les tensions apparaissent
Les virus se reproduisent uniquement à l’intérieur d’une cellule vivante, en utilisant ses ressources. Pour cela, ils
Il n'existe pas de nomenclature généralement acceptée dans le mondeles noms des souches et les noms utilisés sont assez arbitraires. En règle générale, ils sont constitués de lettres et de chiffres individuels, qui sont écrits après le nom de l'espèce. Par exemple, l'une des souches les plus connues d'E. coli estE. coliK−12.
Le virus essaie de corriger les échecs de réplication, mais pas toujours avec succès. Si la mutation donne à l'agent pathogène un avantage vital, elle peut s'installer.
Colonies de souche bactérienneYersiniaà la surface de l'agar-agar
À l'heure actuelle, on sait que le SARS-CoV-2accumule des mutations à peu près au même taux que l'agent causal de la grippe. Les mutations dans le génome d'un nouveau type de coronavirus surviennent presque toujours non pas en raison d'erreurs aléatoires lors de la copie, comme dans de nombreux autres virus, mais à la suite de dommages ou d'une édition incorrecte d'une copie déjà terminée de l'ARN du virus.
Comment de nouvelles souches de COVID-19 sont découvertes
Des échantillons de muqueuses sont prélevés sur des patients etdécoder le génome du pathogène. Ces informations sont chargées dans des bases de données communes et comparées. Par exemple, la base de données GISAID contient plus de deux millions de génomes de coronavirus du monde entier. Il y a un tracker qui visualise quelle option a été identifiée dans quel pays.
Le 16 janvier, Rospotrebnadzor a annoncé qu'il avait mis au point un test spécial qui identifierait la souche britannique. Il montrera le résultat 1,5 heures après que la personne ait fait un frottis.
Des tests plus approfondis et plus complexes sont nécessairespour savoir quelle est la tension du patient. Désormais [à l’aide des tests PCR], vous pouvez découvrir si une personne est porteuse d’un virus actif – s’il existe ou non une certaine variante du COVID-19. Mais cela ne signifie pas qu'il est impossible de déterminer une souche spécifique, cela prend simplement plus de temps et d'argent.
Alexey Agranovsky, professeur à l'Université d'État de Moscou et docteur en sciences biologiques
Par conséquent, en Russie, découvrez combien de personnescontracté un coronavirus avec une certaine mutation, ce n'est pas encore possible, mais cela peut être fait des tests aléatoires pour comprendre l'étendue de l'étendue d'une souche X particulière.
Sur le site CoVariants, à l'aide des données GISAID, vous pouvez voir quelles mutations distinguent le génome d'un variant donné. Ainsi, la variante delta a quatre mutations significatives dans la protéine de pointe et deux délétions.
Les variantes les plus dangereuses du COVID-19
L'OMS a classé quatre variantes comme dangereuses : alpha, bêta, gamma et delta.
- Alpha
La souche a été découverte pour la première fois en octobre 2020 lors de la pandémie de COVID-19 au Royaume-Uni à partir d’un échantillon collecté le mois précédent.
Depuis, ses chances de dominer ont doublétous les 6,5 jours (intervalle de génération supposé). Cela est en corrélation avec une augmentation significative des infections au COVID-19 au Royaume-Uni.
Il existe des preuves que cette variante a une transmissibilité accrue de 30 à 70 %, et des études préliminaires suggèrent une létalité accrue.
Cependant, à mesure que d'autres choses se produisentmutations, le vaccin devra peut-être être modifié. Le SRAS-CoV-2 ne mute pas aussi rapidement que les virus de la grippe, par exemple, et les nouveaux vaccins qui se sont révélés efficaces fin 2020 sont des types qui peuvent être modifiés si nécessaire.
À la fin de 2020, les corpsdes experts en santé et des experts d'Allemagne, du Royaume-Uni et d'Amérique estiment que les vaccins existants seront aussi efficaces contre la souche VOC-202012/01 que contre les souches précédentes.
- Bêta
La souche a été découverte pour la première fois en Afrique du Sud, comme indiquéa été signalé par le ministère sud-africain de la Santé le 18 décembre 2020. Les chercheurs et les responsables ont déclaré que la prévalence de cette souche était plus élevée chez les jeunes sans aucun problème médical sous-jacent et que, comparée à d'autres souches, elle était plus susceptible de provoquer une maladie grave dans ces cas.
Les scientifiques ont noté que cette souche contient plusieurs mutations qui lui permettent de se fixer plus facilement aux cellules humaines.
Le 8 janvier 2021, le Guardian a annoncé que le vaccinPfizer et COVID-19 BioNTech ont montré dans des tests comprenant 20 tests sanguins qu'il est capable de fournir une protection contre la souche 501.V2. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour établir le degré exact de protection.
Le 24 février 2021, la société Moderna a annoncé le début des essais cliniques d'une nouvelle version de son vaccin. La nouvelle version est spécialement conçue pour traiter 501.V2.
- Gamma
La souche a été découverte pour la première fois à Tokyo le 6 janvier 2021ans par l'Institut national des maladies infectieuses (NIID). La nouvelle souche a été découverte chez quatre personnes arrivées à Tokyo en provenance de l'État d'Amazonas le 2 janvier 2021.
La nouvelle souche est apparue pour la première fois en juillet et a été la premièredécouvert en octobre, mais au moment de la publication (décembre 2020), bien que sa fréquence ait considérablement augmenté, sa distribution était encore principalement limitée à la capitale de l'État de Rio de Janeiro.
La mutation de la protéine de pointe K417T, qui permetle virus se lie plus étroitement aux cellules humaines et, dans certains cas, évite même les anticorps. De plus, le virus infecte les jeunes et les femmes enceintes plus fortement que l'original.
Le 11 février 2021, le chef du ministère brésilien de la Santé, Eduardo Pazuello, a annoncé que cette souche est trois fois plus contagieuse que le SARS-CoV-2 « original ».
- Delta
En octobre 2020, la lignée B.1.617.2 a été détectée pour la première fois en Inde. Dans la seconde moitié d'avril 2021, la souche Indian Delta est entrée en Russie.
Le 14 juin 2021, il a été découvert en Indevariante mutée B.1.617.2, connue sous le nom de variante AY.1 ou « delta plus ». « Delta Plus » se distingue par la présence de la mutation K417N dans la protéine Spike, qui peut réduire l'activité des anticorps chez les personnes rétablies et vaccinées.
Le ministère indien de la Santé a cité trois caractéristiques distinctives"delta plus" : contagiosité accrue, capacité accrue à se lier aux récepteurs des cellules pulmonaires et résistance potentielle au traitement par anticorps monoclonaux.
Début juillet 2021, l'Organisation mondialeLes soins de santé ont enregistré la souche delta dans 98 pays avec des niveaux de vaccination de la population élevés et faibles, et dans de nombreux pays, elle devient dominante.
Selon le Consortium russe pourEn séquençant les génomes du SARS-CoV-2 (Coronavirus Russian Genetic Initiative, CoRGI), la souche delta occupait un peu plus de la moitié (52%) dans les échantillons obtenus à Saint-Pétersbourg en mai 2021, et en juin 2021 - plus de 90%.
Aussi, le « delta plus », identifié en juin de l'année dernière au Népal, appartient à la catégorie des menaçants. Il a cinq mutations dans la protéine de pointe qui rendent le virus très dangereux.
Quelles options pour les scientifiques de COVID-19 surveillent
Il existe quatre variantes supplémentaires du SARS-CoV-2 sur la liste de l'OMS qui présentent un intérêt, mais jusqu'à présent, il n'y a aucune raison de les considérer comme plus dangereuses : Eta, Iota, Kappa, Lambda.
- Lambda
La soi-disant "souche lambda" SARS-CoV-2 pour la première foisalloué au Pérou à la fin de l'été dernier. Des infections par la nouvelle souche ont également été signalées en Argentine et au Chili. Par la suite, il s'est étendu à l'Allemagne, l'Espagne, les États-Unis, la Grande-Bretagne et plusieurs autres pays.
Le génome de la "souche lambda" contient un ensemble de huitmutations clés qui augmenteraient l'infectiosité du virus. Des scientifiques brésiliens dirigés par Priscila Wink de l'Université fédérale de Rio Grande do Sul ont d'abord enregistré des traces de la "variante lambda" du SRAS-CoV-2 au Brésil et découvert une nouvelle variante de cette version du virus. Souche "lambda" trouvée au 19 juillet dans 29 pays
- Iota
La souche a été identifiée en mars de l'année dernière à New York,il s'est propagé 35% plus rapidement. Pendant un certain temps, rivalisant avec succès avec l'alpha, les scientifiques ont supposé qu'en combinaison avec la mutation E484K dans la protéine de pointe, qui aide à échapper aux anticorps, cette option serait dangereuse. L'OMS lui a attribué le statut de menace. Mais ces prédictions ne se sont pas réalisées, et maintenant il est simplement surveillé.
Les vaccins seront-ils utiles contre les nouvelles souches ?
Il n'y a pas de réponse claire. L'efficacité des vaccins peut être évaluée de différentes manières :
- Surveiller l’évolution du nombre de nouveaux casinfections et hospitalisations. Par exemple, au Royaume-Uni, près de 88 % de la population adulte a reçu une dose de vaccin, 67 % la seconde. La variante Delta domine dans le pays. Selon les statistiques officielles, le taux d'incidence a augmenté de plus d'un tiers au cours de la semaine dernière et le nombre d'hospitalisations a augmenté de 46,8 %.
- Réalisez une expérience en laboratoire. Les scientifiques créent un pseudovirus avec une protéine de pointe, ajoutent une mutation après l’autre à son génome, imitant la variante étudiée. Il est ensuite mélangé au sérum sanguin de personnes entièrement vaccinées et versé goutte à goutte sur une lignée cellulaire humaine sensible au coronavirus. Après quelques jours, les cellules infectées sont comptées.
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