"Nos données montrent que de nombreuses cellules d'organismes eucaryotes - les protistes - contiennent de l'ADN des plus
Stepanauskas et ses collègues ont prélevé des échantillons de la marineeaux sur deux sites: l'océan Atlantique nord-ouest dans le golfe du Maine, aux États-Unis en juillet 2009, et la mer Méditerranée au large de la Catalogne, en Espagne, en janvier et juillet 2016. Ils ont utilisé des outils modernes de génomique unicellulaire pour séquencer l'ADN total de 1 698 protistes dans l'eau.
Les chercheurs ont découvert un certain nombre de protozoaires, notammentalvéolés, straménopiles, chlorophytes, sercozoaires, picozoaires et choanozoaires. 19 % des SAG – génomes amplifiés uniques – du golfe du Maine et 48 % de la Méditerranée étaient associés à de l’ADN bactérien, indiquant que ces protozoaires se nourrissaient de bactéries. Les séquences virales les plus courantes ont été trouvées dans 51 % des golfes du Maine et 35 % des SAG méditerranéens. La plupart provenaient de virus connus pour infecter des bactéries, considérées comme des parasites de protozoaires bactériens.
Mais les protozoaires choanozoïques et picozoïques, quitrouvés uniquement dans l'échantillon de la baie du Maine, étaient différents. Les choanozoa, également connus sous le nom de choanoflagellés, sont d'un grand intérêt évolutif en tant que parents vivants les plus proches des animaux et des champignons. De minuscules picozoines (jusqu'à 3 microns) ont été découverts pour la première fois il y a vingt ans et étaient à l'origine appelés picobiliphytes. Jusqu'à présent, leurs sources de nourriture étaient un mystère, car leur système alimentaire est trop petit pour les bactéries, mais tout à fait suffisant pour les virus, dont la plupart sont inférieurs à 150 nm.
Chacun des SAG choanozoïque et picozoïque étudiéles protozoaires étaient associés à des séquences virales de bactériophages et de virus CRESS-ADN, mais le plus souvent sans ADN bactérien. Cependant, les mêmes séquences ont été trouvées dans une grande variété d'espèces.
Les auteurs concluent que les espèces choanozoïque et picozoïque sont susceptibles de consommer régulièrement des virus.
«Les virus sont riches en phosphore et en azote et potentiellementpeut être un bon complément à une alimentation riche en carbone, qui peut inclure des proies cellulaires ou des colloïdes marins riches en carbone », conclut le Dr Julia Brown, chercheuse au laboratoire des sciences océaniques de Bigelow et co-auteur de l'étude.
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