Un nouveau logiciel détecte des bactéries résistantes aux antibiotiques qui infectent les humains et les animaux

Dans une nouvelle étude, une équipe d'experts a examiné une grande ferme avicole commerciale en Chine et a collecté 154

échantillon d'animaux, de carcasses, de travailleurs, de leurs animaux de compagnieles fermes et l'environnement. À partir des échantillons, ils ont isolé des bactéries spécifiques Escherichia coli (E. coli). Elles peuvent vivre de manière totalement inoffensive dans l'intestin humain, mais peuvent également être pathogènes. Et si leur génome porte des gènes de résistance à certains médicaments, cela peut entraîner le développement de maladies graves, notamment de graves crampes d'estomac, de la diarrhée et des vomissements.

Les chercheurs ont utilisé une approche informatiquequi combine l'apprentissage automatique, le séquençage du génome entier, les réseaux de partage de gènes et les éléments génétiques mobiles pour caractériser les différents types d'agents pathogènes trouvés dans une ferme. Ils ont découvert que les gènes antimicrobiens (gènes qui confèrent une résistance aux antibiotiques) sont présents chez les bactéries pathogènes et non pathogènes.

Une nouvelle approche utilisant l'apprentissage automatiquea permis aux experts de découvrir l'ensemble du réseau de gènes associés à la résistance aux antimicrobiens communs aux animaux, aux travailleurs agricoles et à l'environnement. Ce réseau comprenait notamment des gènes connus pour causer la résistance aux antibiotiques, ainsi que des gènes encore inconnus associés à la résistance aux médicaments.

Les environnements bâtis tels que les zonesles élevages intensifs sont considérés comme des terrains de reproduction idéaux pour les bactéries résistantes aux antimicrobiens et les gènes de résistance aux antibiotiques. Leur étude est d'une grande importance pour le traitement efficace de certaines maladies et infections.

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