Les auteurs ont développé des mini-anticorps à l'aide d'un logiciel qui prédit comment
C'est quelque chose de très étonnant ! Il ouvre de nombreuses possibilités.
Stephen Mayo, chimiste à Caltech
Les anticorps se lient bien aux protéines, par ex.avec différents microbes. C’est pourquoi les sociétés pharmaceutiques les utilisent comme médicaments pour lutter contre les infections et le cancer. Mais les anticorps sont de grosses protéines, leur production est donc coûteuse et le processus est souvent instable. Les auteurs de l'étude se sont efforcés de surmonter ces problèmes.
Le processus par lequel les anticorps se lient à une cibleressemble à un grimpeur essayant de gravir une falaise abrupte, explique David Baker, biologiste structuraliste informatique à l'Université de Washington (UW). La surface d'une telle roche est généralement lisse et il y a peu de soutien pour les bras et les jambes. Les anticorps sont gros, ils peuvent donc faire plusieurs prises en même temps et tenir fermement.
Mais les mini-anticorps ont moins de possibilités.Les chercheurs ont tenté de surmonter cette lacune : ils ont identifié les sites de capture sur les protéines et ont construit des mini-anticorps sur cette base. Mais cela ne fonctionne que pour les protéines bien étudiées.
Pour contourner ce problème, Baker et ses collèguesse sont tournés vers le logiciel Rosetta, qu'ils ont développé pour prédire les structures des protéines en fonction de leur séquence d'acides aminés. Pour créer une carte des points d'ancrage potentiels, l'équipe a chargé le programme de calculer à quel point les acides aminés étroitement définis se lieraient à divers points de la surface de la protéine cible. Les chercheurs ont utilisé Rosetta pour créer des dizaines de milliers de mini-anticorps virtuels.
Ce logiciel permettrachercheurs à développer des sondes de diagnostic pour aider à détecter les maladies à un stade précoce, ajoute Tanya Kortemme, bioingénieur à l'Université de Californie à San Francisco.
Nous pouvons concevoir des protéines pourcontacter n'importe quelle cible. Cela signifie que les miniprotéines peuvent non seulement bloquer les protéines pathogènes, mais aussi diriger les médicaments vers les tissus cancéreux ou délivrer des molécules de diagnostic émettant de la lumière ou radioactives à n'importe quelle cellule. Cela aidera à suivre les progrès du traitement.
Longxin Cao, postdoc UW
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