Les scientifiques ont étudié plus de 1000 combinaisons de mutations dans les protéines d'épine de coronavirus

Le SRAS-CoV-2 a évolué pour acquérir des mutations dans la protéine Spike, la partie du virus qui dépasse de son

surfaces et s’accroche aux cellules pourinfection. Les mutations dans cette partie du coronavirus augmentent sa capacité à se lier aux cellules humaines ou à échapper aux anticorps. Une nouvelle étude des Centres de génomique et de biologie des systèmes de l'Université de New York et de l'Université de New York d'Abu Dhabi utilise la modélisation informatique pour évaluer l'importance biologique des mutations des protéines de pointe. L’objectif est d’identifier les versions du virus qui se lient plus étroitement au récepteur ACE2 ou sont plus résistantes aux anticorps.

Crédit : Hin Hark Gan et Christine Gansalus, Département de biologie de NYU.

Les scientifiques suggèrent que ce sont ces mutations dans la protéine de pointe qui sont la principale raison de la propagation rapide du virus dans certaines parties du monde.

Ces derniers mois, de nouveaux et plussouches infectieuses du coronavirus, entraînant de nouvelles vagues épidémiques dans des pays comme l'Inde et le Brésil. L'aggravation de la situation nécessite des méthodes de prédiction rapide de nouvelles souches virales infectieuses. Mais garder une trace des nouvelles options n'est pas une tâche facile ; Le séquençage du génome montre que la protéine de pointe SARS-CoV-2 seule, par exemple, a environ 5 000 variantes possibles.

Dépistage d'un si large éventail d'optionspose un énorme défi aux méthodes expérimentales traditionnelles, notent les scientifiques. L'avantage des simulations informatiques est que cent mutations peuvent être facilement estimées en quelques jours.

Les scientifiques se sont tournés vers une méthode informatiquequi modélise la façon dont la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 reconnaît le récepteur ACE2, une protéine à la surface de nombreux types de cellules, pour pénétrer dans les cellules hôtes. Ils ont évalué 1 003 combinaisons de mutations dans les protéines de pointe du coronavirus, y compris celles qui ont conduit à une augmentation des infections au Brésil, en Afrique du Sud, au Royaume-Uni et en Inde.

Une évaluation systématique des options a montré queLes mutations de pointe qui se lient étroitement au récepteur ACE2 se produisent dans deux groupes, ou « points chauds », de mutations à l'interface de liaison. Ils sont situés dans des régions structurellement flexibles. Cela signifie que les mutations qui augmentent la liaison ont reprogrammé efficacement la conformation de la colonne vertébrale pour améliorer sa capacité à reconnaître les récepteurs ACE2.

L'étude a été publiée dans Journal de biologie moléculaire.

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