Alat koji je razvio tim zove se CShaper.
To je snažan računalni alat koji može
sustavno segmentirati i analizirati stanične slike na razini pojedinih predstavnika. Ovo je vrlo važno za proučavanje diobe stanica, kao i funkcija stanica i gena.Radni tekst
Kako bi se stvorilo računalstvoBiolozi su proučavali kako životinje rastu iz jedne stanice, oplođenog jajašca ili kroz bezbrojne stanične diobe. Konkretno, željeli su znati određene funkcije gena, poput onih koji su geni uključeni u diobu stanica da bi se formirali različiti organi ili što uzrokuje abnormalne diobe stanica koje uzrokuju rast tumora.
Da bi to učinili, istraživači su prvo dobilislike stanica - njihovo "obiteljsko stablo". Zatim "izbacuju" (uklanjaju) gen iz sekvence DNK i uspoređuju dva stabla loze kako bi analizirali promjene u stanicama i zaključili o funkciji gena. Nakon toga eksperiment se ponavlja, ali s drugim genima.
Biolozi su u istraživanju koristili embrijeCaenorhabditis elegans vrsta je crva koji dijeli mnoga biološka svojstva s ljudima, pa se može koristiti za proučavanje rasta tumora u ljudi.
“S obzirom da je C.elegans ima oko 20 000 gena, što znači da bi bilo potrebno gotovo 20 000 eksperimenata ako biste uzorkovali jedan po jedan gen. Ovo će biti ogromna količina podataka. Stoga je iznimno važno koristiti automatizirani sustav analize slike koji smo razvili”, - tekst je studije.
Slike stanica obično se dobivaju pomoćuskeniranje laserskom zrakom. Postojeći sustavi za analizu slike mogu samo uspješno otkriti staničnu jezgru, ali slika stanične membrane bit će loše kvalitete, što otežava rekonstrukciju oblika stanice.
Štoviše, ne postoji pouzdan algoritam zasegmentacija time-lapse trodimenzionalnih slika (tj. četverodimenzionalnih slika) stanične diobe. Segmentacija slike važan je proces u računalnom vidu koji uključuje dijeljenje vizualnog unosa u segmente kako bi se olakšala analiza slike. Ali istraživači moraju provesti stotine sati ručno označavajući mnoge slike stanica.
Novi razvoj CShaper može otkritistanične membrane, generiraju stanične oblike u 3D prostoru i, što je još važnije, automatski segmentiraju stanične slike na razini stanice.
Čitaj više
Opasno zagrijavanje klime započet će za 7 godina
Pobačaj i znanost: što će se dogoditi s djecom koja će roditi
Pogledajte najljepše slike Hubblea. Što je teleskop vidio u 30 godina?