Az új munkában a szerzők egy neurális hálózatot hoztak létre, amely meghatározza, hogy egy adott fehérje milyen formát ölt.
A fehérje alakját most a következőképpen számoljuk ki:részecskegyorsító, amely háromdimenziós fényképeket ad a fehérjemolekulákról, vagy egy szuperszámítógép segítségével, amely kiszámítja azok szerkezetét a kémia és a kvantumfizika törvényeinek megfelelően.
A szerzők megalkották az evoformer algoritmust, amelymegpróbálja meghatározni a fehérjemolekulák egyes szegmenseinek szerkezetét, háromdimenziós gráffa formájában ábrázolva azokat – ez egy matematikai absztrakció, amely egymással párokban összekapcsolt objektumok halmazából áll. Az Evoformer a már ismert példák alapján összekapcsolja őket egymással, és fokozatosan változtatja a kapcsolatok szerkezetét és a csomópontok elhelyezkedését, megközelítve az optimumot.
Ezután kombinálták ezeket az algoritmusokat, és létrehoztak egy neurális hálózatot, az AlphaFold2.
Tavaly már bemutattuk az első verziótrendszerünk, az AlphaFold, amely a CASP13 verseny részeként szinte atompontossággal tudta megjósolni a fehérjék szerkezetét. Most elkészítettük ennek egy új verzióját, amely észrevehetően felülmúlja az összes versenytársat sebességben és pontosságban. Ráadásul a forráskódja teljesen nyitott.
Demis Hassabis, a Deepmind vezérigazgatója
Ennek eredményeként a neurális hálózat körülbelül 10 perc alatt atomi pontossággal rekonstruálja a háromdimenziós alakzatot, a fehérjében lévő egyes atomok esetében 0,096 nanométeres hibával.
Olvass tovább:
Elmagyarázta, hogyan tükröződik az univerzum a fekete lyukak közelében
Tömeges mérgezés és a civilizáció halálának új változatai: hogyan változtak a majákkal kapcsolatos ismereteink
A Föld pályájának változásai hozzájárultak a bonyolult élet kialakulásához a bolygón