Lo strumento sviluppato dal team si chiama CShaper.
È un potente strumento di calcolo in grado di
Segmentare e analizzare sistematicamente le immagini delle cellule a livello di rappresentanti specifici.Questo è molto importante per lo studio della divisione cellulare e delle funzioni delle cellule e dei geni.Testo di lavoro
Per creare un dispositivo informatico, i biologi hanno studiato come crescono gli animalida una singola cellula, da un ovulo fecondato o attraverso innumerevoli divisioni cellulari.In particolare, volevano conoscere alcune funzioni dei geni, come ad esempio quali geni sono coinvoltinella divisione delle cellule nella formazione di diversi organi o che provocadivisioni cellulari anomale che causano la crescita dei tumori.
Per fare questo, i ricercatori hanno prima ottenuto immagini delle cellule, il loro "albero genealogico".Quindi "spengono" (eliminano) il gene dalla sequenza di DNA e confrontanoDue alberi genealogici per analizzare i cambiamenti nelle cellule e dedurre le funzioni dei geni.Dopodiché, l'esperimento viene ripetuto, ma con geni diversi.
I biologi hanno utilizzato embrioni nello studioCaenorhabditis elegans è un tipo di verme che condivide molte caratteristiche biologiche con gli esseri umani, quindi può essere utilizzato per studiare la crescita del tumore negli esseri umani.
"Dato che C. elegans ha circa 20.000 geni, ciò significa che ci vorrebbero quasi 20.000 esperimenti se si sceglie un gene alla volta.Pertanto, è estremamente importante utilizzare il sistema automatizzato di analisi delle immagini che abbiamo sviluppato". Indagini.
Le immagini delle cellule vengono solitamente ottenute utilizzandoscansione con un raggio laser. I sistemi esistenti di analisi delle immagini possono rilevare solo con successo il nucleo cellulare, ma l'immagine della membrana cellulare sarà di scarsa qualità, il che rende difficile ricostruire la forma cellulare.
Inoltre, non esiste un algoritmo affidabile per segmentare fotogramma per fotogramma le immagini tridimensionali (cioè le immagini quadridimensionali) della divisione cellulare.La segmentazione delle immagini è un processo importante nella visione artificiale che includeDividi l'input visivo in segmenti per semplificare l'analisi delle immagini.Ma i ricercatori devono passare centinaia di ore a etichettare manualmente molte immagini di cellule.
Il nuovo sviluppo di CShaper è in grado di rilevare le membrane cellulari, creare forme cellulari nello spazio tridimensionale e, cosa più importante, segmentare automaticamente le immagini cellulari a livello cellulare.
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