Un team guidato da scienziati di Paderborn, Germania, il professor Thomas D. Kühne e il professor Christian
Gli scienziati hanno superato la sfida dell’exascalasimulando al contempo la proteina spike SARS-CoV-2 in una vera e propria applicazione informatica scientifica. Hanno fatto la svolta con l’aiuto del supercomputer Perlmutter presso il National Energy Research Scientific Computing Center (NERSC) negli Stati Uniti.
Perlmutter è attualmente il quintoil computer più veloce del mondo. La base era un nuovo metodo di modellazione che Plössl e Kühne hanno sviluppato negli ultimi anni e integrato nel programma open source di chimica quantistica CP2K.
Nel mondo del calcolo ad alte prestazioniIl numero di operazioni aritmetiche in virgola mobile a doppia precisione (64 bit) eseguite al secondo è il punto di riferimento per le prestazioni dei supercomputer: nel 1984 fu raggiunta per la prima volta la soglia del miliardo di operazioni al secondo, una cifra che ogni smartphone oggi ha superato.
Modellazione della proteina della punta SARS-CoV-2 conUtilizzando 4.400 acceleratori GPU, gli scienziati hanno superato la soglia degli exaflop e hanno raggiunto 1,1 exaflop. Per fare un confronto, una fase di simulazione richiede 42 secondi per 83 milioni di atomi, il che significa che il processo esegue circa 47 × 10 alla 18a potenza delle operazioni in virgola mobile. Senza requisiti di memoria, un calcolo del genere avrebbe richiesto circa 13 ore con il primo sistema petaflop, il supercomputer Roadrunner del 2008, e circa 1,5 anni con il primo sistema teraflop, ASCI Red, utilizzato nel 1997.
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