צוות בראשות מדענים מפדרבורן, גרמניה, פרופסור Thomas D. Kühne ופרופסור כריסטיאן
מדענים התגברו על האתגר המוגזםתוך הדמיה של חלבון הספייק SARS-CoV-2 ביישום מחשוב מדעי אמיתי. הם עשו את פריצת הדרך בעזרת מחשב העל פרלמוטר במרכז הלאומי למחשוב מדעי למחקר אנרגיה (NERSC) בארה"ב.
פרלמוטר הוא כרגע החמישיהמחשב המהיר בעולם. הבסיס היה שיטת מידול חדשה שפיתחו Plössl ו-Kühne בשנים האחרונות והשתלבו בתוכנית הכימיה הקוונטית בקוד פתוח CP2K.
בעולם של מחשוב ביצועים גבוהיםמספר פעולות אריתמטיות בנקודה צפה ברמת דיוק כפולה (64 סיביות) המבוצעות בשנייה הוא המדד לביצועי מחשבי-על. בשנת 1984, הושג לראשונה רף מיליארד הפעולות לשנייה, נתון שכל סמארטפון עבר היום.
דוגמנות חלבון הספייק SARS-CoV-2 עםבאמצעות 4,400 מאיצי GPU, המדענים עברו את סף ה-exaflops והגיעו ל-1.1 exaflops. לשם השוואה, שלב סימולציה אחד לוקח 42 שניות עבור 83 מיליון אטומים, מה שאומר שהתהליך מבצע בערך 47 × 10 בחזקת 18 של פעולות נקודה צפה. ללא דרישות זיכרון, חישוב כזה היה לוקח כ-13 שעות עם מערכת הפטפלופ הראשונה, מחשב העל Roadrunner ב-2008, וכ-1.5 שנים עם מערכת הטרפלופ הראשונה, ASCI Red, בשימוש ב-1997.
קרא עוד
אבעבועות הקופים הופכות לוירוס עולמי: מדוע היא מועברת כל כך מהר
משהו מוזר קורה ביקום: איך להסביר חוסר עקביות בקבוע האבל
אבחון תוך דקה: כיצד ה-IT משנה את שירותי הבריאות