הקושי העיקרי הוא בהמרת מידע דיגיטלי (0,1) לקוד DNA (המורכב משרשרת של נוקלאוטידים,
אם כי טכנולוגיית רצפי ה- DNA קיימת כבר באופן נרחבבשימוש, זה לא נוח לקריאה של מידע מוצפן במיוחד: העובדה היא שהשיטה מבוססת על שכפול של מיליארדי עותקים של מולקולה כדי להגביר אותות מאינטראקציות חלבון.
יש גישה שנייה הכרוכה בכךהעברת מולקולת DNA דרך ננו-פורס וקריאת מידע ממנה בזמן אמת. למרות העובדה שקריאת קטעים מזוגות בסיס בשרשרת הדנ"א הראשית היא זולה ויעילה יותר, בעוד שתהליך זה לוקח יותר מדי זמן.
השיטה החדשה שהציעו החוקריםמסתמך על השיטה השנייה לקריאת נתונים מ-DNA. מערכת הכתיבה והקריאה כרוכה בקישור של DNA חד-גדילי משלים למולקולות סטרפטווידין. אם שינויים בזרם היונים בזמן שהוא עובר דרך הננו-נקבוביות מצביעים על נוכחות של סטרפטווידין, יסוד זה נקרא כאחד אם המולקולה נעדרת, הוא נקרא כאפס.
בעתיד, שיטה זו תקל על הקלטה, כמו גם על אחסון של נתונים מוצפנים ותחליף אותם, מחברי הערת המחקר.
מוקדם יותר, מיקרוסופט, יחד עם מהנדסים מאוניברסיטת וושינגטון, פיתחו טכנולוגיה לאחסון נתונים דיגיטליים בצורת DNA. המערכת מאפשרת לתרגם נתונים ל- DNA ולפענח אותם.