AI helpt bij het herkennen van RNA-residuen van oude virussen in het menselijk genoom

Eerdere studies hebben aangetoond dat wanneer het virus het menselijk (en ander dierlijk) lichaam binnendringt, het

 kan het DNA van de gastheer veranderen door een deel toe te voegenzijn eigen RNA. Het is ook bekend dat oude virussen die de bevolking vele jaren geleden infecteerden, soms resten van hun RNA in het menselijk genoom achterlieten. Het vinden ervan bleek echter een moeilijke taak vanwege het enorme aantal vergelijkingen dat voor elk ‘vermoedelijk’ virus nodig was. In het nieuwe werk gebruikten de onderzoekers een machine learning-algoritme om het probleem op te lossen.

Om het algoritme te trainen, gebruikten wetenschappers RNA vanbekende niet-retrovirale endogene RNA-virale elementen. Door het algoritme van modern viraal RNA te trainen, kon het systeem een ​​idee krijgen van hoe het eruit ziet als geheel. Onderzoekers geloven dat dergelijke overeenkomsten waarschijnlijk ook in het oude RNA bestonden. Na de training hebben wetenschappers het systeem aangepast om zoveel mogelijk valse positieven te voorkomen. Ze testten het vervolgens op het menselijk genoom en vonden ongeveer 100 opties voor verdere overweging. Na ze te hebben onderzocht, ontdekten de onderzoekers dat veel van hen al bekend waren en dat sommige onder de drempel lagen die ze hadden ingesteld als een optie voor slagen / mislukken. Ze hebben nog maar één mogelijk overblijfsel van een onbekend virus.

Later gingen wetenschappers na of ze hetzelfde vondende rest van het virale RNA in de genomen van andere soorten, zoals apen en chimpansees. Deze ontdekking suggereert dat de infectie en verdere DNA-wijziging minstens 43 miljoen jaar geleden plaatsvond.

De onderzoekers merkten op dat meer informatie over oude virussen en hun effect op het menselijk genoom inzicht zal geven in de nuances van het gedrag van moderne virussen die nog onbekend zijn.

Lees verder

Abortus en wetenschap: wat gebeurt er met de kinderen die zullen bevallen

Radars hebben het laatste Tlingit-fort in Alaska gevonden. Ze zoeken hem al meer dan 100 jaar

Een derde van degenen die hersteld zijn van COVID-19 keert terug naar het ziekenhuis. Elke achtste - sterft