Tot nu toe heeft het nieuwe type coronavirus wereldwijd 3,9 miljoen doden veroorzaakt. Aan het begin van de pandemie
Nu heeft een in Seattle gevestigde onderzoeker verwijderde bestanden van Google Cloud ontdekt die 13 gedeeltelijke genetische sequenties onthullen van enkele van de vroegste gevallen van COVID-19 in Wuhan.
Sequenties doen de balans niet doorslaanuit of uit vele theorieën over hoe SARS-CoV-2 is ontstaan. Ze ondersteunen bijvoorbeeld niet de theorie dat het virus is gelekt uit een zwaarbeveiligd laboratorium in Wuhan. Toch zijn er aanwijzingen dat het nieuwe coronavirus al in omloop was voordat de eerste grote uitbraak werd ontdekt op een vismarkt in het provinciale China.
Om precies te lokaliseren hoe en waar gebeurdeeen virus, moeten wetenschappers het zogenaamde precursorvirus vinden waarvan alle andere stammen zijn ontstaan. Tot nu toe zijn de vroegste sequenties voornamelijk afkomstig uit gevallen op de Huanan Seafood Market in Wuhan. Oorspronkelijk werd gespeculeerd dat SARS-CoV-2 voor het eerst verscheen eind december 2019. De gevallen van begin december tot november van dat jaar hadden echter geen marktkoppeling. Dit geeft aan dat het virus van een andere locatie afkomstig is.
Gevallen die op de markt worden gevonden, zijn onder meer driemutaties die afwezig zijn in virusmonsters die weken later buiten de markt worden gedetecteerd. Virussen zonder mutaties kwamen beter overeen met de coronavirussen die in hoefijzervleermuizen werden gevonden. Wetenschappers zijn ervan overtuigd dat het nieuwe coronavirus op de een of andere manier afkomstig is van vleermuizen, dus het is logisch om aan te nemen dat de voorouder deze mutaties ook niet had.
En nu Jesse Bloom van het Medisch InstituutHoward Hughes in Seattle ontdekte dat de verwijderde sequentiegegevens (waarschijnlijk enkele van de vroegste monsters van het virus) ook verstoken waren van deze mutaties.
Ongeveer een jaar geleden, 241 genetischede sequentie van coronaviruspatiënten is verdwenen uit het Sequence Read Archive, een online database die wordt beheerd door de National Institutes of Health (NIH).
Bloom zag de ontbrekende sequenties,toen ik een spreadsheet tegenkwam in een studie die in mei 2020 in PeerJ werd gepubliceerd. Ze maakten deel uit van het Wuhan University-project PRJNA612766 en zouden naar het archief zijn geüpload. De wetenschapper zocht in de archiefdatabase naar sequenties en kreeg het bericht 'Items not found'.
Uit zijn onderzoek bleek dat de verwijderdede sequenties worden verzameld door het Wuhan University Hospital. Tegelijkertijd suggereert de preprint van de studie, gepubliceerd op basis van deze sequenties, dat ze aan het begin van de epidemie zijn genomen uit monsters van neusuitstrijkjes van poliklinische patiënten met vermoedelijke COVID-19.
Bloom kon geen verklaring vinden waarom de sequenties waren verwijderd en zijn e-mails aan de auteurs van het onderzoek werden niet beantwoord.
De wetenschapper merkt op dat “er geen overtuigend wetenschappelijk bewijs bestaatredenen voor het verwijderen van gegevens." Het punt is dat de sequenties volledig overeenkomen met de monsters die in het werk worden beschreven. Er staan geen correcties in het document. Bovendien benadrukt het onderzoek dat de monsters vrijwillig zijn verkregen van individuen, en dat sequencing geen bewijs levert van plasmidecontaminatie of contaminatie van de monsters. “Het lijkt waarschijnlijk dat de sequenties zijn verwijderd om hun bestaan te verbergen”, concludeert Bloom.
Een artikel met zijn bevindingen werd gepubliceerd op de biorxiv preprint-website.
Lees verder
De grootste komeet in de geschiedenis is te zien in het zonnestelsel: het is bijna een planeet
Nieuwe methode zet koolstof onmiddellijk om in grafeen of diamanten
Een goedkope manier gevonden om de centra van megasteden te redden van oververhitting