De tool die door het team is ontwikkeld, heet CShaper.
Het is een krachtig computerhulpmiddel dat kan
Systematisch segmenteren en analyseren van afbeeldingen van cellen op het niveau van specifieke vertegenwoordigers.Dit is erg belangrijk voor de studie van celdeling en de functies van cellen en genen.Werk tekst
Om een computerapparaat te maken, bestudeerden biologen hoe dieren opgroeienvan een enkele cel, een bevruchte eicel, of door talloze celdelingen.Ze wilden met name bepaalde functies van genen weten, zoals welke genen erbij betrokken zijnbij de celdeling bij de vorming van verschillende organen of dieabnormale celdelingen die ervoor zorgen dat tumoren groeien.
Om dit te doen, verkregen de onderzoekers eerst afbeeldingen van de cellen - hun 'stamboom'.Vervolgens "uitschakelen" (verwijderen) ze het gen uit de DNA-sequentie en vergelijken zeTwee stambomen om veranderingen in cellen te analyseren en genfuncties af te leiden.Daarna wordt het experiment herhaald, maar met andere genen.
Biologen gebruikten embryo's in het onderzoekCaenorhabditis elegans is een soort worm die veel biologische kenmerken deelt met mensen, dus het kan worden gebruikt om tumorgroei bij mensen te bestuderen.
"Gezien het feit dat C. elegans ongeveer 20.000 genen heeft, betekent dit dat er bijna 20.000 experimenten nodig zijn als je één gen tegelijk kiest.Daarom is het uiterst belangrijk om gebruik te maken van het geautomatiseerde beeldanalysesysteem dat we hebben ontwikkeld." Onderzoeken.
Celbeelden worden meestal verkregen metscannen met een laserstraal. Bestaande beeldanalysesystemen kunnen de celkern alleen met succes detecteren, maar het beeld van het celmembraan zal van slechte kwaliteit zijn, wat het moeilijk maakt om de celvorm te reconstrueren.
Bovendien is er geen betrouwbaar algoritme voor het segmenteren van frame-voor-frame driedimensionale beelden (d.w.z. vierdimensionale beelden) van celdeling.Beeldsegmentatie is een belangrijk proces in computervisie dat bestaat uit:Verdeel visuele invoer in segmenten om de beeldanalyse te vereenvoudigen.Maar onderzoekers moeten honderden uren besteden aan het handmatig labelen van veel afbeeldingen van cellen.
De nieuwe ontwikkeling van CShaper kan celmembranen detecteren, celvormen creëren in de driedimensionale ruimte en, nog belangrijker, automatisch celbeelden segmenteren op celniveau.
Lees verder
Gevaarlijke klimaatopwarming begint over 7 jaar
Abortus en wetenschap: wat gebeurt er met de kinderen die zullen bevallen
Bekijk de mooiste foto's van Hubble. Wat heeft de telescoop in 30 jaar gezien?