Het project maakt gebruik van de Perturb-seq-aanpak, waarmee u de impact van het in- of uitschakelen kunt volgen
Bij het werken met Perturb-seq-technologieonderzoekers brengen genetische veranderingen aan in cellen met behulp van CRISPR-Cas9 en gebruiken vervolgens eencellige RNA-sequencing om informatie te verzamelen over het RNA dat tot expressie wordt gebracht als gevolg van die genetische verandering. De onderzoekers merken op dat RNA elk aspect van celgedrag controleert, dus deze methode helpt de meeste cellulaire effecten van minimale genetische veranderingen te ontcijferen.
In een nieuwe studie gebruikten wetenschappersmenselijke bloedkankercellijnen, evenals van het netvlies afgeleide niet-kankercellen, om Perturb-seq uit te voeren op meer dan 2,5 miljoen cellen. Op basis van de verkregen gegevens bouwden genetici een uitgebreide kaart die genotypen met fenotypen koppelde.
De auteurs zijn van mening dat de resultaten van het project zullen helpentoekomstig onderzoek. De makers van de geïntegreerde kaart gebruikten de gegevens bijvoorbeeld zelf om de cellulaire effecten van genen met onbekende functies te bestuderen, om de reactie van mitochondriën op stress te bestuderen en om te screenen op genen die chromosoomverlies of -winst veroorzaken, een fenotype dat is vroeger moeilijk te studeren.
"Ik denk dat deze dataset allerlei soorten analyses mogelijk maakt waar we nog niet eens aan hebben gedacht, voor mensen die uit verschillende gebieden van de biologie komen", zegt Tom Norman, co-auteur van het onderzoek.
Lees verder
De Japanners hebben een gigantische turbine in de oceaan gedumpt om eindeloze energie uit de stroming te halen.
Er is een manier om fusie te verbeteren: het is een bron van oneindige energie
Astronomen uit Japan hebben een onbekende structuur in de melkweg gevonden