Til dags dato har den nye typen koronavirus forårsaket 3,9 millioner dødsfall over hele verden. I begynnelsen av pandemien
Nå har en Seattle-basert forsker oppdaget slettede filer fra Google Cloud som avslører 13 delvis genetiske sekvenser fra noen av de tidligste tilfellene av COVID-19 i Wuhan.
Sekvenser tipper ikke balansenfra eller fra mange teorier om hvordan SARS-CoV-2 oppsto. For eksempel støtter de ikke teorien om at viruset lekket fra et høysikkerhetslaboratorium i Wuhan. Likevel tyder det på at det nye koronaviruset sirkulerte selv før det første store utbruddet ble oppdaget på et sjømatmarked i provinsen Kina.
For å finne ut nøyaktig hvordan og hvor skjeddevirus, må forskere finne det såkalte forløperviruset, som alle andre stammer stammer fra. Så langt har de tidligste sekvensene hovedsakelig blitt hentet fra saker på Huanan Seafood Market i Wuhan. Det ble opprinnelig spekulert i at SARS-CoV-2 først dukket opp i slutten av desember 2019. Imidlertid hadde saker fra begynnelsen av desember til november det året ingen markedsforbindelse. Dette indikerer at viruset stammer fra et annet sted.
Saker som finnes i markedet inkluderer tremutasjoner som er fraværende i virusprøver oppdaget uker senere utenfor markedet. Virus uten mutasjoner samsvarte nærmere koronavirusene som ble funnet i hestesko-flaggermus. Forskere er sikre på at det nye koronaviruset på en eller annen måte stammer fra flaggermus, så det er logisk å anta at stamfaren ikke hadde disse mutasjonene heller.
Og nå Jesse Bloom fra Medisinsk instituttHoward Hughes i Seattle oppdaget at de slettede sekvensdataene (sannsynligvis noen fra de tidligste prøvene på viruset) også var uten disse mutasjonene.
For omtrent et år siden, 241 genetisksekvensen fra coronaviruspasienter har forsvunnet fra online Sequence Read Archive, som vedlikeholdes av National Institutes of Health (NIH).
Bloom la merke til de manglende sekvensene,da jeg snublet over et regneark i en studie publisert i mai 2020 i PeerJ. De var en del av Wuhan University-prosjektet PRJNA612766 og ble angivelig lastet opp til arkivet. Forskeren søkte i arkivdatabasen etter sekvenser og mottok meldingen "Elementer ikke funnet."
Hans etterforskning avslørte at den slettedesekvensene er samlet av Wuhan University Hospital. Samtidig antyder fortrykket til studien, publisert basert på disse sekvensene, at de ble tatt fra prøver av nesepinner fra polikliniske pasienter med mistanke om COVID-19 i begynnelsen av epidemien.
Bloom kunne ikke finne noen forklaring på hvorfor sekvensene ble fjernet, og hans e-postmeldinger til studieforfatterne ble ikke besvart.
Forskeren bemerker at "det er ingen overbevisende vitenskapeliggrunner til å slette data." Poenget er at sekvensene fullt ut samsvarer med prøvene beskrevet i arbeidet. Det er ingen rettelser i dokumentet. I tillegg understreker studien at prøvene ble hentet frivillig fra individer, og sekvensering viser ingen tegn på plasmidkontaminering eller kontaminering av prøvene. "Det virker sannsynlig at sekvensene ble fjernet for å skjule deres eksistens," konkluderer Bloom.
En artikkel med funnene hans ble publisert på biorxiv preprint-nettstedet.
Les mer
Den største kometen i historien er sett i solsystemet: den er nesten en planet
Ny metode gjør karbon umiddelbart til grafen eller diamanter
Fant en billig måte å redde sentrene for megabyer fra overoppheting