AI pomaga rozpoznać pozostałości RNA starożytnych wirusów w ludzkim genomie

Poprzednie badania wykazały, że wirus przedostający się do organizmu człowieka (i innych zwierząt) ulega zakażeniu

 może zmienić DNA żywiciela poprzez dodanie częściwłasnego RNA. Wiadomo również, że starożytne wirusy, które wiele lat temu infekowały populację, czasami pozostawiały w ludzkim genomie resztki swojego RNA. Ich odnalezienie okazało się jednak trudnym zadaniem ze względu na ogromną liczbę porównań wymaganych dla każdego „podejrzanego” wirusa. W nowej pracy naukowcy wykorzystali algorytm uczenia maszynowego do rozwiązania problemu.

Aby wytrenować algorytm, naukowcy wykorzystali RNA z programuznane nieretrowirusowe endogenne elementy wirusa RNA. Trenując algorytm współczesnego wirusowego RNA, system mógł poczuć, jak całość wygląda. Badacze uważają, że takie podobieństwa prawdopodobnie istniały również w starożytnym RNA. Po szkoleniu naukowcy zmodyfikowali system, aby zapobiec jak największej liczbie fałszywych alarmów. Następnie sprawdzili go na ludzkim genomie i znaleźli około 100 opcji do dalszego rozważenia. Po ich zbadaniu naukowcy odkryli, że wiele z nich było już znanych, a niektóre znajdowały się poniżej progu, który ustawili jako opcję pass / fail. Została im tylko jedna możliwa pozostałość nieznanego wirusa.

Później naukowcy sprawdzili, czy znaleźli to samoszczątkowe wirusowe RNA w genomach innych gatunków, takich jak małpy i szympansy. To odkrycie sugeruje, że infekcja i dalsze zmiany DNA miały miejsce co najmniej 43 miliony lat temu.

Naukowcy zauważyli, że więcej informacji o starożytnych wirusach i ich wpływie na ludzki genom zapewni wgląd w niuanse zachowania współczesnych wirusów, które są wciąż nieznane.

Czytaj więcej

Aborcja i nauka: co stanie się z dziećmi, które będą rodzić

Radary znalazły ostatni fort Tlingit na Alasce. Szukali go od ponad 100 lat

Jedna trzecia osób, które wyzdrowiały po COVID-19, wraca do szpitala. Co ósma - umiera