W nowej pracy autorzy stworzyli sieć neuronową, która określa, jaką formę przybierze dane białko.
Kształt białka jest teraz obliczany za pomocąakceleratorem cząstek, który daje trójwymiarowe zdjęcia cząsteczek białek lub za pomocą superkomputera, który oblicza ich strukturę zgodnie z prawami chemii i fizyki kwantowej.
Autorzy stworzyli algorytm evoformera, którypróbuje określić strukturę poszczególnych segmentów cząsteczek białka, przedstawiając je w postaci trójwymiarowego drzewa grafów – abstrakcji matematycznej, składającej się ze zbioru obiektów połączonych ze sobą parami. Evoformer łączy je ze sobą na podstawie znanych już przykładów i stopniowo zmienia strukturę połączeń oraz położenie węzłów, zbliżając się do optymalnego.
Następnie połączyli takie algorytmy i utworzyli sieć neuronową AlphaFold2.
W zeszłym roku zaprezentowaliśmy już pierwszą wersjęnasz system AlphaFold, który w ramach konkursu CASP13 był w stanie przewidzieć strukturę białek z niemal atomową dokładnością. Teraz stworzyliśmy jego nową wersję, która zauważalnie przewyższa wszystkich konkurentów szybkością i dokładnością. Co więcej, jego kod źródłowy jest całkowicie otwarty.
Demis Hassabis, dyrektor generalny Deepmind
W rezultacie sieć neuronowa rekonstruuje trójwymiarowy kształt z atomową precyzją w ciągu około 10 minut, z błędem wynoszącym 0,096 nanometra na każdy atom wewnątrz białka.
Czytaj więcej:
Wyjaśnił, w jaki sposób wszechświat odbija się w pobliżu czarnych dziur
Masowe zatrucia i nowe wersje śmierci cywilizacji: jak zmieniła się nasza wiedza o Majach
Zmiany orbity Ziemi przyczyniły się do powstania złożonego życia na planecie