A montagem completa do cromossomo X humano é uma conquista marcante para os pesquisadores de genômica.
Sequências repetitivas de DNAdistribuídos por todo o genoma e sempre representaram um problema para o sequenciamento. A maioria das tecnologias produz “leituras” relativamente curtas da sequência, que devem ser montadas como um quebra-cabeça para montar o genoma. Seqüências repetitivas levam a muitas leituras curtas e têm praticamente a mesma aparência. Permanece um mistério como diferentes partes do genoma se encaixam ou quantas repetições elas têm.
Essas sequências repetidasjá foram considerados intratáveis, mas agora demos saltos na tecnologia de sequenciamento. Com o sequenciamento nanoporoso, obtemos leituras ultralongas de centenas de milhares de pares de bases que podem abranger toda a região de repetição, contornando alguns dos problemas.
Karen Miga, pesquisadora do Instituto de Genômica da Califórnia em Santa Cruz
Preenchendo as lacunas restantes ema sequência do genoma humano abre novas áreas dele. Os cientistas agora têm a capacidade de procurar conexões entre variações de sequência e uma doença específica, bem como outras pistas para questões importantes na biologia e evolução humana.
Embora a sequência de referênciaO genoma humano foi criado há cerca de 20 anos e ainda possui centenas de lacunas. Sim, a maioria das regiões do DNA se repete, mas os segmentos ausentes podem incluir elementos funcionais relacionados a certas doenças.
Os cientistas enfatizam que muitos dos inacessíveisas partes anteriores do genoma estão entre as mais ricas em termos de variação nas populações humanas. Essas informações podem ser importantes para a compreensão da biologia humana geral.
Karen Miga e Adam Phillippi do NationalO Human Genome Research Institute (NHGRI) co-fundou o Telomere-Telomere Consortium (T2T) para completar a montagem do genoma. Eles trabalharam juntos anteriormente em um artigo de 2018 que demonstrou o potencial da tecnologia de nanopore para obter a sequência completa do genoma humano. Para seus propósitos, os cientistas usaram o sequenciador MinION Oxford Nanopore Technologies. Ele captura as mudanças na corrente que ocorrem quando moléculas de DNA individuais passam pelos nanoporos na membrana. Os pesquisadores então analisaram essas grandes moléculas de DNA mais uma vez em dois instrumentos diferentes, cada um gerando sequências muito longas.
Para combinar os dados, os cientistas usaramprograma de computador proprietário para montar vários segmentos de sequências geradas. Usando tecnologia, a equipe criou um conjunto completo do genoma humano que supera todos os conjuntos anteriores em termos de continuidade, integridade e precisão. A montagem contínua até supera o atual genoma humano de referência em alguns aspectos.
Porém, segundo os cientistas, ainda houve diversas quebras nessa sequência. Para completar o cromossomo X, a equipe teve que eliminar manualmente diversas lacunas na sequência.
Nova sequência do genoma humano,derivado de uma linha celular humana chamada CHM13, fecha muitas lacunas no genoma de referência atual, conhecido como Genome Reference Consortium build 38 (GRCh38).
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