AI pomáha rozpoznávať zvyšky RNA starých vírusov v ľudskom genóme

Predchádzajúce štúdie ukázali, že keď sa vírus dostane do ľudského (a iného zvieracieho) tela, tak

 môže zmeniť DNA hostiteľa pridaním častisvoju vlastnú RNA. Je tiež známe, že staroveké vírusy, ktoré infikovali populáciu pred mnohými rokmi, niekedy zanechali v ľudskom genóme zvyšky svojej RNA. Ich nájdenie sa však ukázalo ako ťažká úloha kvôli obrovskému počtu porovnaní potrebných pre každý „podozrivý“ vírus. V novej práci výskumníci použili na vyriešenie problému algoritmus strojového učenia.

Na vycvičenie algoritmu použili vedci RNA zznáme neretrovírusové endogénne vírusové prvky RNA. Výcvikom algoritmu modernej vírusovej RNA mohol systém získať predstavu o tom, ako vyzerá ako celok. Vedci sa domnievajú, že podobné podobnosti pravdepodobne existovali aj v starovekej RNA. Po tréningu vedci vylepšili systém, aby zabránili čo najväčšiemu počtu falošných pozitív. Potom ho rozbehli na ľudský genóm a našli asi 100 možností na ďalšie zváženie. Po ich preskúmaní vedci zistili, že veľa z nich už bolo známych a niektoré boli pod prahovou hodnotou, ktorú stanovili ako možnosť vyhovenia / neúspechu. Ostal im iba jeden možný zvyšok neznámeho vírusu.

Vedci neskôr skontrolovali, či našli to istézvyšková vírusová RNA v genómoch iných druhov, ako sú opice a šimpanzy. Tento objav naznačuje, že k infekcii a ďalším zmenám DNA došlo najmenej pred 43 miliónmi rokov.

Vedci poznamenali, že viac informácií o starodávnych vírusoch a ich vplyve na ľudský genóm poskytne náhľad na nuansy správania moderných vírusov, ktoré sú stále neznáme.

Čítaj viac

Potraty a veda: čo sa stane s deťmi, ktoré budú rodiť

Radary našli poslednú Tlingitskú pevnosť na Aljaške. Hľadali ho už viac ako 100 rokov

Tretina z tých, ktorí sa zotavili z COVID-19, sa vracia do nemocnice. Každý ôsmy - zomiera