การศึกษาเมล็ดพันธุ์สารตั้งต้นของแตงโมที่เก่าแก่ที่สุดที่รู้จักเผยให้เห็นรายละเอียดบางอย่างเกี่ยวกับ
เมล็ดถูกค้นพบระหว่างการขุดค้นทางโบราณคดีในลิเบีย นักวิทยาศาสตร์ระบุว่าอายุของพวกเขาคือ 6000 ปี
นักวิจัยมักเห็นด้วยว่าแตงโมมาจากแอฟริกา แต่คำถามที่ว่าพวกมันถูกเลี้ยงครั้งแรกที่ไหนและเมื่อไหร่ยังคงเป็นที่ถกเถียงกันอยู่ หลักฐานล่าสุดบ่งชี้ว่าแตงโมมีต้นกำเนิดในหุบเขาไนล์ ซึ่งสอดคล้องกับหลักฐานทางโบราณคดี
อย่างไรก็ตามพบเมล็ดที่เก่ามากบนดินแดนของทะเลทรายซาฮาราในปัจจุบันในลิเบียดูเหมือนจะขัดแย้งกับคำอธิบายนี้ นักวิทยาศาสตร์ศึกษาจีโนมของพืชโบราณที่พบและได้ข้อสรุปว่าชาวลิเบียในยุคหินใหม่กินแตงโมที่มีเนื้อขม ยิ่งกว่านั้นพวกเขาปลูกพืชเหล่านี้ไม่ได้เพื่อเยื่อ แต่เพื่อเมล็ดซึ่งยังคงกินแห้งหรือทอดซึ่งใช้ในซุปและสตูว์