Що таке «британський» штам коронавірусу?
штам 202012/01 - Штам вірусу SARS-CoV-2, який викликає COVID-19. Цей
До середини грудня штам почав швидкопоширюватися. Це корелює зі значним збільшенням частоти інфекцій COVID-19 у Великій Британії; це збільшення, як вважають, принаймні частково пов'язане з мутацією N501Y усередині рецептор-зв'язуючого домену спайкового глікопротеїну, який зв'язується з рецептором ACE2 у клітинах людини.
Штам також примітний великою кількістю мутацій в порівнянні з відомою на грудень 2020 го тенденцією мутірованія SARS-CoV-2.
Штам відомий під кількома назвами. В урядових повідомленнях та ЗМІ його зазвичай називають «британський штам COVID-19» та «британський штам коронавірусу».
Цей штам раніше був названий «першим штамом,Департаментом громадської охорони здоров'я Англії, але був переведений до категорії «Штам, що викликає занепокоєння» Мірою Чанд та її колегами у звіті, опублікованому Організацією громадського охорони здоров'я2 Англії.
У звіті, написаному від імені Консорціумугеноміки COVID-19 Великобританії (COG-UK), Ендрю Рамбо і його співавтори згадали даний штам під назвою лінія B.1.1.7. CDC також називає цей штам 20B / 501Y.V1.
Країни з підтвердженими випадками заражень штамом VOC-2020/12/01
Звідки він взявся?
Судячи з усього, з ПАР.Перше повідомлення про це штамі було опубліковано групою місцевих біологів під керівництвом та Олівейри 22 грудня 2020 року - зразки були зібрані на початку жовтня. Оскільки не всі країни проводять програми спостереження за новими штамами, то саме по собі перше виявлення в країні, звичайно, не доводить, що варіант виник саме в тому місці, де був виявлений.
Властивості «британського» штаму
- генетика
Мутації у вірусі SARS-CoV-2 трапляються доситьчасто: за даними Консорціуму геноміки COVID-19 Великобританії (COG-UK), тільки в спайковую глікопротеїну було виявлено понад 4 000 мутацій в різних штамах цього вірусу.
Штам VOC-202012/01 визначається 23 мутаціями: 13 несинонимичной мутаціями, 4 делеціями і 6 синонімічні мутаціями (тобто 17 мутацій змінюють білки, а 6 - немає).
- Трансміссивність
Британський науково-консультативний орган NERVTAG(Консультативна група щодо нових і виникаючих респіраторних вірусів) 18 грудня 2020 року дійшов висновку, що вони мають помірну впевненість у тому, що VUI-202012/01 значно більш трансмісивний, ніж інші штами, при даних поки недостатньо для остаточних висновків про головне механізм підвищеної трансмісивності.
Дані, отримані NERVTAG, показали, що цейштам має "коефіцієнт відбору" 0,70 (70%), припускаючи інтервал між поколіннями 6,5 днів. У пізніших роботах як захід використовувалося відносне число репродукцій, що є показником коефіцієнта відбору.
На підставі дещо інших даних відносне число репродукцій («мультиплікативна перевага») було визначено рівним 1,74 (це означає, що цей штам на 74% більш трансмісивний).
Цей штам став домінуючим у Лондоні, а такожна сході та південному сході Англії протягом одного-двох місяців. Подібне швидке зростання спостерігалося і в Ірландії, і, схоже, цей штам незабаром стане домінуючим і там.
Передбачається, що в США те ж саме станетьсяу березні. Сплеск інфекцій SARS-CoV-2 на початку нового року розглядається як результат підвищеної трансмісивного цього штаму, в той час як захворюваність іншими штамами знижується. Це вимагає більш жорстких обмежень, щоб уникнути швидкого експоненціального зростання випадків зараження. Управління трансмісією цього штаму, в свою чергу, виглядає все більш слабким.
Перше зображення британського штаму вірусу
Чи ефективні проти нього вакцини?
Раніше було створено кілька вакцин проти COVID-19.
Однак у міру того, як відбувається більшемутацій, може знадобитися зміна вакцини. SARS-CoV-2 не мутує так швидко, як, наприклад, віруси грипу, і нові вакцини, які довели свою ефективність до кінця 2020 року, є типами, які за необхідності можна змінити.
Станом на кінець 2020 року органиохорони здоров'я та експерти Німеччини, Великобританії і Америки вважають, що існуючі вакцини будуть настільки ж ефективні проти штаму VOC-202012/01, як і проти попередніх штамів.
18 грудня 2020 року NERVTAG прийшла до висновку, що «в даний час недостатньо даних, щоб зробити який-небудь висновок про нечутливості даного штаму до вакцинним антигенів».
Поки що служба громадської охорони здоров'яВеликобританії підтвердила, що «немає доказів» того, що новий штам буде стійким до вакцини Pfizer-BioNTech, яка в даний час використовується в програмі вакцинації Великобританії, так що щеплені люди як і раніше захищені.
У чому особливість «британського» штаму?
В цілому «британський» штам має 29 мутацій попорівняно з вихідним штамом Wuhan. Це говорить про те, що він мутує набагато швидше останнього, для якого вірусологи фіксували приблизно дві мутації в місяць.
При цьому багато мутації, виявлені в білкушипа нового штаму, полегшують зв'язування вірусу з рецепторами клітин-господарів. Тому вчені висловлюють припущення, що штам B.1.1.7 буде більш небезпечним - володіти більш високою вірулентністю, а, можливо, і здатністю ухилятися від дії розроблених вакцин.
У новому дослідженні автори вирішили за допомогоюкомп'ютерного моделювання передбачити, як різні мутації «британського» штаму вплинуть на швидкість поширення і тяжкість інфекції, а також реплікацію і патогенез самого вірусу.
Для пояснення незвично високої частоти мутацій, що відбуваються як в шиповому S-білку, так і в N-кінцевому домені, дослідники пропонують три варіанти пояснень:
- тривале інфікування вірусом пацієнта з ослабленим імунітетом дозволило вірусу мутувати з високою швидкістю;
- адаптивні мутації почалися ще у тварин-господарів, були передані людині шляхом зоонозної передачі та продовжилися в організмі людини-господаря;
- селективний відбір, що відбувається в структурі вірусу під тиском з боку антитіл.
Результати моделювання показали, щостабільність водневих зв'язків у мутантного варіанта вище. Його шиповий білок також утворює більшу кількість зв'язків з рецептором клітин-господарів, і ці зв'язки зберігаються протягом більш тривалого часу. Оціночна швидкість передачі штаму B.1.1.7 на 70% вище, а число репродукцій на 0,4 більше, ніж у класичного варіанту.
Небезпека, на думку авторів, полягає ще й утому, що за стандартами тестування полімеразна ланцюгова реакція із зворотною транскрипцією, або ВІД-ПЛР може не розпізнавати вірусну РНК нового штаму. Також змінений мутаціями штам може дозволити йому уникнути нейтралізації антитілами і знизити ефективність вакцин.
Де він поширений?
Зараз - практично по всьому світу.Згідно з даними найбільшої бази геномів GISAID, найбільше відповідних зразків виявлено в Великобританії, Данії, США, Франції, Іспанії та Ірландії, є геноми навіть з таких відносно благополучних країн, як Нова Зеландія і Сінгапур. Карти поширення можна подивитися тут.
З наявністю штаму в Росії ситуація не цілкомясна. 10 січня про його виявленні в країні повідомляла Анна Попова. Однак в найбільшій відкритій міжнародній базі GISAID геномів варіанти B.1.1.7. з Росії немає.
Читати далі
Подивіться на зображення Марса з 8 трильйонів пікселів
Вчені вивели заміну для теорії відносності. У чому суть «теорії всього»?
Аборти і наука: що буде з дітьми, яких народять