На сьогоднішній день коронавірус нового типу спричинив 3,9 млн смертей у всьому світі. На початку пандемії
Тепер дослідник з Сіетла виявив вилучені файли з Google Cloud, які розкривають 13 часткових генетичних послідовностей деяких з найбільш ранніх випадків COVID-19 в Ухані.
Послідовності не схиляють чашу ваг до однієїз багатьох теорій у тому, як виник SARS-CoV-2, чи з неї. Наприклад, вони не підтверджують теорію про витік вірусу з лабораторії з високим рівнем безпеки в Ухані. І все ж таки дані говорять про те, що коронавірус нового типу циркулював ще до того, як був виявлений перший великий спалах інфекції на ринку морепродуктів у провінції Китаю.
Щоб точно визначити, як і де ставсявірус, вченим необхідно знайти так званий вірус-попередник, від якого походять всі інші штами. До сих пір найраніші послідовності були в основному взяті з випадків на ринку морепродуктів Хуанань в Ухані. Спочатку передбачалося, що SARS-CoV-2 вперше з'явився в кінці грудня 2019 року. Однак випадки захворювання з початку грудня і до листопада того ж року не мав ніяких зв'язків з ринком. Це вказує на те, що вірус з'явився з іншого місця.
Випадки, виявлені на ринку, включають тримутації, які відсутні в зразках вірусів, виявлених тижнями пізніше за межами ринку. Віруси без мутацій точніше відповідали коронавірусу, виявленим у підковоподібних кажанів. Вчені впевнені, що новий коронавірус якимось чином виник від кажанів, тому логічно припустити, що у прабатька також не було цих мутацій.
А тепер Джессі Блум з Медичного інститутуГоварда Хьюза в Сіетлі виявив, що дані про віддалених послідовності (ймовірно, деякі взяті з найбільш ранніх зразків вірусу) також позбавлені цих мутацій.
Близько року тому 241 генетичнапослідовність від пацієнтів з коронавірусів пропала з онлайн-бази даних Sequence Read Archive, яка підтримується Національними інститутами охорони здоров'я (NIH).
Блум зауважив відсутні послідовності,коли натрапив на електронну таблицю в дослідженні, опублікованому в травні 2020 року в журналі PeerJ. Вони були частиною проекту Уханьского університету PRJNA612766 і, імовірно, були завантажені в архів. Вчений пошукав послідовності в базі даних архіву і отримав повідомлення «Елементи не знайдені».
Її розслідування показало, що віддаленіпослідовності зібрані лікарнею Уханьского університету. При цьому препринт дослідження, опублікованого на основі цих послідовностей, передбачає, що вони взяті з зразків мазків з носа від амбулаторних пацієнтів з підозрою на COVID-19 на початку епідемії.
Блум не зміг знайти жодного пояснення того, чому послідовності були видалені і його електронні листи авторам дослідження з запитами не отримали відповіді.
Вчений зазначає, що «немає переконливої науковоїпричини видалення даних». Справа в тому, що послідовності повністю відповідають зразкам, описаним роботі. В документі немає виправлень. Крім того, в дослідженні підкреслюється, що зразки отримані від людей добровільно, а секвенування не показує доказів плазмідного забруднення або контамінації зразків. «Здається ймовірним, що послідовності були видалені, щоб приховати їх існування», - робить висновок Блум.
Стаття з його висновками опублікована на сайті препринтів biorxiv.
Читати далі
У Сонячній системі помічена найбільша комета за всю історію: це майже планета
Новий метод миттєво перетворює вуглець в графен або алмази
Знайдений недорогий спосіб позбавити центри мегаполісів від перегрівання