Hälsopersonal dödade cirka 100 tusen värphöns på en fjäderfäfarm i byn Heckendorp. Dessutom mer än 90
I båda fallen misstänktes en "mycket smittsam H5-variantstam", sade ministeriet i ett uttalande.
"Båda gårdarna har vidtagit åtgärder för att förhindra ytterligare spridning av sjukdomen," sade ministeriet.
Nederländernas jordbruksminister KarolaSchouten införde inomhus förebyggande isolering på alla kommersiella fjäderfägårdar den 23 oktober efter att två döda svanar hittades med den mycket smittsamma fågelinfluensan H5N8.
I sällsynta fall kan sjukdomen drabba människorsymtom som hög feber, muskelsmärta, huvudvärk och hosta. Det kan spridas genom att röra vid en infekterad fågel eller äta kött som inte är helt kokt.
Läs också
Forskare har identifierat orsaken till explosionen i Beirut på sociala nätverk
På grund av plattans rörelse ligger Stillahavsbotten djupt under Kina
Forskning: smältande permafrost återupplivar gamla mikrober