AI hjälper till att känna igen RNA-rester av antika virus i det mänskliga genomet

Tidigare studier har visat att när viruset kommer in i människokroppen (och andra djur)

 kan ändra värdens DNA genom att lägga till en delsitt eget RNA. Det är också känt att urgamla virus som infekterade befolkningen för många år sedan ibland lämnade kvar rester av sitt RNA i det mänskliga genomet. Men att hitta dem visade sig vara en svår uppgift på grund av det enorma antalet jämförelser som krävdes för varje "misstänkt" virus. I det nya arbetet använde forskarna en maskininlärningsalgoritm för att lösa problemet.

För att träna algoritmen använde forskare RNA frånkända icke-retrovirala endogena RNA-virala element. Genom att träna algoritmen för modernt viralt RNA kan systemet få en känsla för hur det ser ut som en helhet. Forskare tror att sådana likheter troligen också fanns i gammalt RNA. Efter träning justerade forskare systemet för att förhindra så många falska positiva som möjligt. De körde det sedan på det mänskliga genomet och hittade cirka 100 alternativ för ytterligare övervägande. Efter att ha undersökt dem fann forskarna att många av dem redan var kända, och vissa låg under tröskeln som de satte som ett godkännande / misslyckande. De har bara en kvarleva av ett okänt virus kvar.

Senare kontrollerade forskare om de hittade detsammakvarvarande viralt RNA i genomet hos andra arter, såsom apor och schimpanser. Denna upptäckt antyder att infektionen och ytterligare DNA-förändring inträffade för minst 43 miljoner år sedan.

Forskarna noterade att mer information om forntida virus och deras inverkan på det mänskliga genomet kommer att ge inblick i nyanserna i beteendet hos moderna virus som fortfarande är okända.

Läs mer

Abort och vetenskap: vad kommer att hända med barnen som kommer att föda

Radarer har hittat det sista Tlingit-fortet i Alaska. De har letat efter honom i över 100 år

En tredjedel av dem som har återhämtat sig från COVID-19 återvänder till sjukhuset. Var åttonde - dör