Den nya mutationen kallas "delta plus" (delta+). Hälsoministeriet klassificerar det ännu inte som en mutation,
Mer än 20 fall av infektion med den nya mutationen har identifierats.
Statliga myndigheter sade att fler prover av viruset har skickats för genomsekvensering, med planer på att ta reda på om den nya varianten är dominerande.
För att begränsa spridningen av koronaviruset skapade myndigheterna specialzoner och förseglade områden där en ny variant av koronaviruset upptäcktes.
NDTV citerade chefen för All India Institute of Medical Sciences, Randeep Guleria, som sa att stammen kan orsaka oro i framtiden om den inte studeras.
Läs mer:
Skador på hud, hjärna och ögon: hur COVID-19 tränger in i mänskliga organ
Forskare har skapat en 3D-karta över solsystemet: vid kanterna ser det ut som en droppe
Coronavirusmutationer gör det svårfångat för test och vaccin värdelösa