Vad är den sydafrikanska koronavirusstammen?
Stam 501.V2, eller "afrikansk stam" eller "sydafrikansk"
Slagens egenskaper
- Spridar sig aktivt bland unga människor
Forskare och tjänstemän sa detförekomsten av denna stam var högre bland ungdomar utan komorbiditeter, och jämfört med andra stammar är det mer sannolikt att orsaka allvarlig sjukdom i sådana fall.
- Orsakar risken för en andra våg i afrikanska länder
Министерство здравоохранения Южной Африки также påpekade att denna stam kan vara drivkraften bakom den andra vågen av COVID-19-pandemin i landet på grund av att stammen sprider sig snabbare än andra tidigare virusstammar.
- Ett stort antal mutationer
Forskare noterade att denna stam innehållerflera mutationer som gör att det lättare kan fästa på mänskliga celler på grund av tre mutationer i receptorbindningsdomänen (RBD) i virusets spike glykoprotein: N501Y (aminosyran asparagin (N) ersätts av aminosyran tyrosin (Y) vid position 501), K417N och E484K.
Två av dessa mutationer (E484K och N501Y) är i det receptorbindande motivet (RBM) i den receptorbindande domänen (RBD).
N501Y-mutationen hittades också i stammen202012/01, allmänt distribuerad i Storbritannien. Två andra mutationer som finns i 501.V2, E484K och K417N, saknas i den brittiska stammen. Dessutom saknar 501.V2 69-70del-mutationen som finns i en annan stam.
Upptäckt
Den nya stammen upptäcktes genom sekvenseringkomplett genom. Flera genomiska sekvenser från denna linje överlämnades till GISAIDs genetiska sekvensdatabas, till exempel sekvensen EPI_ISL_678597.
Internationell distribution
Den 23 december meddelade Matt Hancock att två personersom reste från Sydafrika till Storbritannien var infekterade med 501.V2. 28 december. Denna stam hittades hos två personer i Schweiz och en person i Finland.
Den 29 december upptäcktes stammen hos en resenär,från Sydafrika till Japan, och från en internationell resenär i Queensland, Australien. Den 30 december upptäcktes stammen i Zambia. Den 31 december upptäcktes den även i Frankrike på en passagerare som återvände från Sydafrika.
Den 2 januari 2021, det första fallet med infektion med dettastammen identifierades i Sydkorea. Österrike rapporterade sitt första fall av infektion med denna stam, liksom fyra fall av infektion med den brittiska stammen den 4 januari. Den 8 januari 2021 rapporterade Irland tre fall av denna stam, som alla var förknippade med resor från Sydafrika.
Okänslighet mot vacciner
Den 4 januari 2021 rapporterade tidningen The Telegraph,att Oxford-immunologen Sir John Bell tror att den nya sydafrikanska stammen är ett "stort frågetecken" eftersom den kan vara resistent mot vacciner och därigenom krossa förhoppningar och ersätta dem med rädsla.
Samma dag, professor i vaccinologi Shabir Madhisa till CBS News att det inte är säkert att den nya stammen 501.V2 kommer att kunna "förbigå" vaccinets skydd, men han tror att det "kan vara mindre effektivt."
Ytterligare mutationer i spikeproteinet i stam 501.V2s identifierades av University of Reading docent i cellulär mikrobiologi Simon Clarke som en oroande faktor eftersom de "kan göra viruset mindre mottagligt för immunsvaret som induceras av vaccinet."
Lawrence Young, en virolog vid University of Warwick, noterade också att flera spikmutationer i denna stam "kan leda till en viss flykt från immunförsvaret."
Vissa studier visar att denna stam har undvikit en neutraliserande multiklonal antikropp riktad mot SARS-CoV-2-spikproteinet.
Ugur Sakhin, verkställande direktör för BioNTech,sade att ytterligare forskning behövs för att säkerställa att företagets nuvarande vaccin fungerar mot 501.V2-stammen, men om vaccinet behöver justeras kan företaget göra det på cirka 6 veckor.
Den 8 januari rapporterade Guardian att Pfizer-vaccinet ochBioNTech från COVID-19 har i tester med 20 blodprover visat att det kan ge skydd mot 501.V2-stammen. Ytterligare forskning behövs för att fastställa den exakta grad av skydd.
Moderna planerar att testa en ny version av sitt vaccin, speciellt modifierat för att skydda mot 501.V2-stammen, eftersom Novavax vidtar liknande åtgärder.
Enligt en klinisk studie av Ad26-vaccinet.COV2.S av Johnson & Johnson, dess effektivitet i södra Afrika är 15 % lägre än i USA (57 % respektive 72 %); skillnaden beror sannolikt på förekomsten av 501.V2-stammen i Sydafrika.
En annan studie av vaccinet (NVX-CoV2373 från Novavax) visade 60 % effektivitet (hos HIV-negativa deltagare) i Sydafrika, jämfört med 90 % effektivitet i Storbritannien.
Enligt Reuters är Pfizer-vaccinet bara något mindre effektivt mot 501.V2. AstraZeneca planerar att anpassa sitt vaccin till denna stam, med ett nytt vaccin som förväntas vara klart till hösten 2021.
Den 24 februari 2021 meddelade Moderna starten av kliniska prövningar av en ny version av sitt vaccin. Den nya versionen är utformad speciellt för att bekämpa 501.V2.
Stammutationer
Forskare har hittat åtta mutationer i spikproteinet i den "sydafrikanska" stammen. Detta protein är ansvarigt för virusets inträde i cellen.
- N501Y
En av dessa mutationer, N501Y, finns också iDen "brittiska" stammen B.1.1.7 och är associerad med förbättrad bindning till den humana receptorn ACE2, till vilken SARS-CoV-2 fäster på cellytan.
- E484K
En annan mutation, E484K, i receptorbindningenvirusdomän (RBD), bestämmer den ökade resistensen av 501Y.V2 mot neutraliserande antikroppar, vilket kan påverka effekten av COVID-19-vacciner som riktas mot spikproteinet negativt.
Spikmutation E484K har kopplats till ett ärendereinfektion med stam 501.V2 SARS-CoV-2 i Brasilien, som forskarna tror var den första sådan reinfektion med en stam som innehöll denna mutation.
Var fördelas stammen nu?
Virus 501.V2 orsakade en andra våg av epidemin i Sydafrika, som nådde sin topp i mitten av januari. Den hittades i Botswana, Zambia, Kenya och Gambia, samt i USA, Kanada, Australien, Kina, Israel och delar av Europeiska länder.
Dessutom hittades stammen på Rysslands territorium, hittills i enstaka kvantiteter.
Läs mer
Uranus har fått status som den konstigaste planeten i solsystemet. Varför?
Fysiker har skapat en analog av ett svart hål och bekräftat Hawkings teori. Vart leder det?
Abort och vetenskap: vad kommer att hända med barnen som kommer att föda